Среда Эндо используется для выделения и дифференциации энтеробактерий по способности ферментировать лактозу. Механизм воздействия среды базируется на способности фуксина образовывать бесцветный комплекс с сульфитом. Бактерии, которые растут на среде, разделяют на две группы. Те бактерии, которые не ферментируют лактозу, растут в виде бесцветных колоний. Лактозоферментующие бактерии образуют альдегиды. В свою очередь, альдегиды связывают сульфит и освобождают фуксин, придающий колониям красный цвет, иногда с металлическим блеском.

Среда перед использованием не стерилизуется. Посев проводят поверхностным методом, культивирование ведется при 37 ° С, результат оценивают через 18-24 ч.